L'annuncio dell'arrivo di Mark Webber nella squadra Minardi Asiatech nel 2002 segnò il ritorno di un pilota australiano in Formula 1, il primo dopo David Brabham. Webber aveva solo 18 anni quando lasciò la sua terra natale per raggiungere l'Europa allo scopo di proseguire la sua carriera di pilota iniziata qualche mese prima nel karting e nella Formula Ford.

Un debutto internazionale impressionante, che lo vide giungere terzo al Festival di Formula Ford di Brands Hatch nel 1995, spinse il famoso team Van Diemen Formula Ford a firmare con lui per disputare il campionato britannico nel 1996. Webber giunse secondo in quella serie e segnò una stupenda vittoria al Festival della Formula Ford del 1996 - un evento annuale dal palmares impressionante in quanto fu già vinto da Johnny Herbert ed Eddie Irvine ad esempio.

Dopo il suo successo nella Formula Ford britannica, nel 1997 Webber passò al campionato britannico di Formula 3 in seno alla scuderia di Alan Docking. Nonostante avesse incontrato delle difficoltà nel raccogliere i fondi necessari per correre, concluse il campionato al quarto rango. Quando rischiò di dover lasciare il suo posto a metà stagione, l'ex star di rugby originario come lui di Queanbeyan, David Campese, lo salvò finanziando personalmente le ultime gare che Webber doveva disputare. Le sue ottime prestazioni nelle serie britanniche e negli eventi internazionali di F3 attirarono l'attenzione di un certo Norbert Haug, capo della competizione della Mercedes. Quest'ultimo invitò l'australiano ad effettuare una prova a bordo della Mercedes GT.

Questo test fu un grande successo e Webber firmò con il team AMG per disputare il campionato 1998 FIA GT, assieme all'ex pilota di Formula 1 Bernd Schneider. Diretto dalla Mercedes, Webber maturò rapidamente e dimostrò grandi abilità nel lavoro a soli 20 anni.

La stagione 1998 fu memorabile per Webber che partecipò ad un intenso programma di test ed a dieci gare che lo portarono negli Stati-Uniti, in Giappone ed in Europa. La coppia Webber/Schneider segnò cinque vittorie ma mancò il titolo a vantaggio di Klaus Ludwig e Ricardo Zonta. L'amore di Webber per le vetture turismo fu interrotto improvvisamente quando il pilota australiano fu coinvolto in due terribili incidenti all'edizione 1999 della 24 Ore di Le Mans, incidenti causati da un apparente difetto nell'aerodinamica della Mercedes con la quale correva assieme al compagno di squadra Peter Dumbreck.

Rimasto lontano da questi circuiti fino al termine della stagione '99, Mark Webber era determinato a rilanciare la sua carriera in monoposto a partire dal 2000. Iniziò a lavorare nell'ottica di ottenere un volante nel campionato internazionale di Formula 3000 assieme al nuovo team European Formula Racing di Paul Stoddart.

Nel 2000, Webber tornò in F3000 e portò il team EFR al vertice, offrendogli una vittoria nella seconda manche stagionale a Silverstone, un successo che portò il pilota australiano in vetta al campionato. Concluse l'anno al terzo rango generale dietro Bruno Junqueira e Nicolas Minassian.

Questi risultati positivi gli valsero l'interesse del team Benetton e nel settembre 2000 effettuò tre giorni di test all'Estoril per questa squadra. Così Flavio Briatore gli fece firmare un contratto a lungo termine e, nel 2001, la Benetton gli fece disputare il campionato F3000 assieme alla Super Nova Racing. Diventò anche il collaudatore ufficiale ed il pilota di riserva del team Benetton Renault F1.

Nel 2001, Webber vinse a Imola, Monaco e Magny-Cours e concluse il campionato F3000 al secondo rango pur avendo seguito un intenso programma di test per la Benetton contribuendo così al miglioramento delle prestazioni della squadra nel finale di stagione. Webber raggiunse la squadra Minardi nel 2002. In occasione del suo primo Gran Premio a Melbourne, conquistò un bellissimo quinto posto, due punti sinonimi di sollievo e di festa per la scuderia di Faenza.

Purtroppo non segnò altri punti nel 2002, nonostante una brillante prestazione al Gran Premio di Monaco. Il suo talento fu notato, in particolare dalla Jaguar Racing che lo ingaggiò per affiancare Antonio Pizzonia nella stagione successiva. Webber visse una stagione positiva con la Jaguar nel 2003, segnando 17 punti tra i 18 che la squadra di Milton Keynes ottenne durante l'anno.

Il 2004 non fu una buona stagione per Webber e la Jaguar. A metà anno fu annunciato che la squadra era da vendere e la Jaguar R5 non rappresentava il grande passo in avanti che il team sperava. Tuttavia, Webber svolse un lavoro solido per buona parte della stagione, realizzando alcune prestazioni brillanti, soprattutto in qualifica. Al Gran Premio della Malesia, Webber scattò da un ottimo secondo posto, accanto a Michael Schumacher. Tuttavia i risultati dell'australiano in gara rispecchiano la delusione generale di quella stagione.

Era già da un po' di tempo che Frank Williams teneva Mark Webber d'occhio, e fu quindi poco sorprendente vederlo raggiungere Nick Heidfeld nel team BMW Williams nel 2005. Nonostante avesse avuto l'opportunità di correre con un top team, le 19 gare del 2005 non diedero a Webber la possibilità di illustrarsi molto. Ancora una volta fu sensazionale in qualifica ma in gara ebbe difficoltà a segnare punti. Il suo compagno di squadra Nick Heidfeld fu decisamente più costante.

Webber riuscì comunque a salire sul podio per la prima volta nella sua carriera in Formula 1, al Gran Premio di Monaco. Decimo nella classifica generale alla fine della stagione, Webber è rimasto alla Williams nel 2006 ed è stato raggiunto dalla stella nascente Nico Rosberg. E' stato un anno frustrante ed il pacchetto Williams Cosworth è risultato abbastanza debole. A metà stagione, Webber ha annunciato che nel 2007 avrebbe raggiunto la Red Bull. Ha poi concluso la stagione al 14° rango.

La prima stagione in Red Bull del 2007 è stata costellata come quella del suo compagno di squadra David Coulthard, da innumerevoli problemi di affidabilità della monoposto, in particolare a livello dell'idraulica. Tuttavia, l'australiano è riuscito a salire sul podio del Nurburgring terminando l'annata in 12° posizione con dieci punti. Nel 2008 Webber rimane alla Red Bull.