Dopo aver vinto il campionato di kart spagnolo nel 1990, Marc Gené corse nel karting per un'altra stagione prima di passare nel 1992 alla Formula Ford spagnola. Arrivarono le vittorie nelle due stagioni successive prima di approdare alla F3 britannica. A questo fece seguito la F3000 nel 1997, ma lo spagnolo ottenne il successo nel 1998 nell'Open Fortuna by Nissan.

Questo propulse Gené in F1 con la Minardi con cui disputò 33 Gran Premi nei due anni successivi. Nel 2001 perse il volante da titolare ed assunse il ruolo di collaudatore alla Williams-BMW. Corse tre gare con la scuderia di Grove per sostituire Ralf Schumacher. Nel 2003 ottenne un buon quinto posto a Monza, ma le gare in Francia e Gran-Bretagna del 2004 ebbero meno successo.

Nel 2005 Marc arrivò in Ferrari come collaudatore, ruolo che ha mantenuto per il 2006 ed il 2007.